某省国家税务局在2015年2月对食品生产企业2014年8月1日后的增值税缴纳情况进行专项稽查，根据计划布署，要求各个相关企业于2015年2月底前进行自查，并将自查报告以书面报告形式报所在县（或市）税务稽查局。2015年2月15日某县食品生产企业的财务人员找到信达税务师事务所的执业税务师张鑫，要求对企业的增值税缴纳情况进行代理审查，出具增值税纳税情况鉴证报告，并代为撰写向县税务稽查局的自查报告，同时表示此项业务的报酬可以不通过税务师事务所而直接付给张鑫个人。按照税务师执业的有关要求签订协议后，张鑫及其辅助人员于2015年2月18日~2015年2月25日对该食品生产企业2014年8月1日后的增值税纳税情况进行审核，发现该食品生产企业经常从农民、集贸市场的小商贩处购进农产品，开具了农产品收购发票，抵扣了进项税额；购进原材料和销售产品取得的运输发票包括货物运输业增值税专用发票，还有运费结算单据，企业都抵扣了进项税额。
食品生产企业增值税缴纳中存在何种问题？
