参考答案：

启动子是在基因转录过程中，具有识别并结合RNA聚合酶的那段DNA序列，与基因转录的启动有关。 (1)原核生物的基因启动子区均位于基因转录起始点的上游，其启动子可以分为两部分，上游部分是CAP-cAMP结合位点，下游部分是RNA聚合酶进入位点，每个位点又可以分为两部分。CAP-cAMP结合位点包括了位点Ⅰ和位点Ⅱ，RNA聚合酶进入位点包括结合位点和识别位点。 RNA聚合酶的结合位点，又称为Pribnow框，存在于起始转录的上游10bp左右的一段核苷酸序列中，大多包含TATAAT序列，又称为-10序列，是RNA聚合酶的牢固结合位点。它与RNA聚合酶形成开放性启动子复合物，从而使RNA聚合酶定向，使之按顺流方向移动而行使其转录功能。 RNA聚合酶识别位点，又称为Sextama框，存在于起始转录的上游35bp左右的一段核苷酸序列中，大多包含TTGACA序列，又称为-35序列，是RNA聚合酶的识别位点。这一序列的核苷酸结构在很大程度上决定了启动子的强度。Pribnow框和Sextama框之间的碱基序列并不重要，而这两段序列间的距离却十分重要。 CAP-cAMP结合位点有两个，一个是在-70到-50(位点Ⅰ)，另一个是在-50到-40(位点Ⅱ)。位点Ⅰ包含一个反向重复序列，位点Ⅱ是一个很弱的结合位点，但当cAMP-CAP复合物结合于位点Ⅰ时，位点Ⅱ结合cAMP-CAP复合物的能力便显著提高。一旦位点Ⅱ被占据，RNA聚合酶就很快与-35序列结合，然后再与-10序列结合，并开动转录。 (2)真核生物有三种RNA聚合酶，每一种都有自己的启动子类型。RNA聚合酶Ⅰ只转录rRNA，只有一种启动子类型；RNA聚合酶Ⅱ负责蛋白质基因和部分snRNA基因的转录，其启动子结构最为复杂；RNA聚合酶Ⅲ负责转录tRNA和5S rRNA，其启动子位于转录的DNA序列之内，称为下游启动子。 RNA聚合酶Ⅱ的启动子结构是多部位结构，主要有四个部位： 帽子位点：即转录起始位点，其碱基大多为A，两侧各有若干个嘧啶核苷酸。 TATA框：又称Hogness或Goldberg-Hogness box，其一致序列为TATAATAAT，基本上由AT碱基对组成，其两侧倾向于富含GC碱基对。TATA框一般位于-25附近，其结构和功能类似于原核生物的Pribnow框，TATA框决定了转录起始点的选择。 CAAT框：其一致序列为GGCTCAATCT，一般位于-75附近，它可能控制着转录起始的频率。 增强子：又称远上游序列，一般都在-100以上，能以组织特异性的方式来增强基因的表达，位置不固定。 RNA聚合酶Ⅲ的下游启动子，位于转录区内，在转录起始点下游50bp之后。 RNA聚合酶Ⅰ的启动子，可分为两部分：-40到+5称为近启动子，其功能决定转录起始的精确位置；-165到-40称为远启动子，其功能是影响转录的频率。 所谓共有序列，是指一种理想化的序列，其中的每一个核苷酸在一系列可比较的实际序列中最常出现(保守)，并按一定位置排列。