参考答案：C, D

解析：

外观设计专利申请文件 

《专利法》第二十七条第二款规定，申请人提交的有关图片或者照片应当清楚地显示要求专利保护的产品的外观设计。《专利审查指南》第一部分第三章第4.2.3节第（5）项规定，照片中的产品通常应当避免包含内装物或者衬托物，但对于必须依靠内装物或者衬托物才能清楚地显示产品的外观设计时，则允许保留内装物或者衬托物。据此，A选项错误。《专利法实施细则》第一百二十一条第一款规定，各类申请文件应当打字或者印刷，字迹呈黑色，整齐清晰，并不得涂改。附图应当用制图工具和黑色墨水绘制，线条应当均匀清晰，并不得涂改。据此，B选项错误。《专利审查指南》第一部分第三章第4.2.3节第（3）项规定，照片的拍摄通常应当遵循正投影规则，避免因透视产生的变形影响产品的外观设计的表达。据此，C选项正确。《专利审查指南》第一部分第三章第4.2.4节就外观设计申请文件中图片或者照片存在的缺陷需发出补正通知书或者审查意见通知书的情形进行了规定，其中“透明产品的外观设计，外层与内层有两种以上形状、图案和色彩时，没有分别表示出来”属于需要发出补正通知书或者审查意见通知书的情形，故D选项正确。 

综上，本题答案为：C、D。