答案：D

A、分子和原子不能比较大小，但由原子构成的分子，其一个分子比构成它的原子大，故选项错误．

B、有的物质是由分子构成，有的物质是由原子构成，有的物质是由离子构成，故选项错误．

C、由分子构成的物质，其化学性质是由分子保持的，由原子构成的物质，其化学性质是由原子保持的．故说法错误

D、在化学变化中分子分成原子，原子再重新组合成新的分子，故在化学变化中，分子可分，原子不可分．故选项正确．．

故选D．