A、水中只有氢元素、氧元素，而治疗“非典的良药”是有机物，含有碳元素，故水是不可能变成治疗“非典的良药”．

B、原子的体积是非常小的，普通的显微镜都不能观察到，人用肉眼就更不能观察到原子的内部结构．故此说法错误．

C、根据质量守恒定律，化学反应前后物质的总质量不变，故说法正确．

D、分子属于构成物质的微粒，若只有一种分子，则该物质一定是纯净物，若至少两种分子，则为混合物．故说法正确．

故选AB．