化学变化是生成新物质的变化，反应前后物质种类不同，因此，化学变化前后物质的种类一定发生变化；

化学变化的实质是构成反应物分子的原子进行重新组合，形成生成物分子的过程；该过程中，分子种类一定改变，分子数目可能不变，原子种类、数目一定不变，所以说原子是化学变化中最小微粒；因此，元素种类、质量不变，物质的质量总和不变；

综合以上分析，化学反应前后肯定没有发生变化的是：①原子数目，③元素种类，⑤原子种类，⑥物质的总质量；

故选C．