参考答案：C

解析：A项，由“自然界和精神是统一的。自然界不能是无理性的……而理性是不能和自然界矛盾的”，“精神”和“理性”都是人类独有的，因此“精神”和“理性”与自然界的协调统一就是人类与自然界之间协调统一，因此A项说法正确。B项，从“我们一天天地学会更加正确地理解自然规律，学会认识我们对于自然界的惯常行程的干涉所引起的比较近或比较远的影响”中可以看出，“比较近或比较远的影响”是负面的，因此B项说法正确。D项，由“思维规律和自然规律，只要它们被正确地认识，必然是互相一致的”知，马克思主义哲学是可知论，它的认识对象就是思维规律和自然规律，由此可以推出“认为思维规律和自然规律可以具有一致性”，因此D项说法正确。C项，由“根据恩格斯的这些论述，考察中国古代的天人合一思想，不难看出，这种思想有着深刻的合理性”，分析这一句我们看出，作者在这里引述恩格斯的话并不是指出天人合一思想的局限性，而是强调它的“深刻的合理性”。所以本题答案为C。