A、分子是保持物质化学性质的一种粒子，不能保持物理性质，故A说法错误．

B、混合物是指由多种物质构成的物质，不同元素组成的物质不一定是混合物，故B说法错误；

C、元素的性质，特别是元素的化学性质是由该原子最外层电子数决定的，最外层电子数相等，化学性质相似，故C说法错误；

D、化学变化中分子破裂成原子，原子重新组合成新的分子，所以在化学变化中分子种类一定发生改变，故D说法正确．

故选D．