参考答案：该市政府的行为是违法的，从根本上说违背了诚信政府的基本品质与对公民信赖利益的保护。港商之所以在合作项目中注入巨资，有一个很重要的原因就是相信政府，因为该项目经过各级政府和主管部门同意，手续齐全、程序合法。市政府还专门制定了《污水处理专营管理办法》。应该说，港商对政府文件和当事人之间签署的合作合同的合法性深信不疑。
制定和撤销、废止行政规章是政府的法定职权。特别是当市政府发现自己制定的规章与国家法律、法规不一致时，出于国家法制统一和公共利益的需要，可以废止已经生效的规章和其他规范性文件。但是，必须看到，废止文件不单是政府一家的事情，而是涉及千家万户的大事，必须遵照依法行政和合法信赖利益保护原则谨慎定夺，而不能仗着政府权大，或者一切个人利益必须让位于公共利益的老思路任意妄为。
表面上看，本案市政府是在贯彻上级指示，严格依法行政，纠正不当文件。而实际上，该行为已经侵犯了相对人的信赖利益。
首先，该项目是否属于国务院政策明令禁止要求妥善处理的事项并不清楚；
其次，即使《污水处理专营管理办法》违反了国务院的规定，属于必须废除的文件，责任也完全在政府本身，而不是毫无过错的投资人。
第三，即使该文件确属需要废止的违法不当文件，也要经过正当程序，依法补偿信赖利益遭受损失的投资商，而不能置投资人的合理期待与信赖利益于不顾，随意“废止”自己制定发布的文件，更不能未经对方同意，单方面撕毁合作合同。如果政府为了“依法行政”，废止已经生效的文件，执意收回自己的承诺，改变原来的行政行为，那么，就必须证明这种做法所获得的公共利益必然大于信守原来承诺给相对人带来的利益。如果能够做到这一点的话，政府可以改变或者收回其承诺，但也必须对相对人由此遭受的损失承担补偿责任。