因为A、B、C三种物质各6g，充分反应后测得容器内只剩A、B两种物质，其中A16g，则可知C6克完全反应，A生成16-6=10克，根据质量守恒定律，可知参加反应的B的质量为10-6=4克，故B所剩的质量为6-4=2克．

故选D．