A、在化学反应中，物质的种类改变，因此在氢气燃烧的反应中，氢分子和氧分子一定改变，故A错误；

B、在化学反应中，原子的种类、数目都不变，因此在氢气燃烧的反应中，氢原子和氧原子一定不变，故B正确；

C、氢气中氢显示0价，氧气中氧元素显0价，水中氢显+1价，氧显-2价，因此在氢气燃烧的反应中，氢、氧元素的化合价一定改变，故C错误；

D、在化学反应中，物质的种类改变，物质的性质也会改变，故D错误．

故选B．