参考答案：(1)收费造成了分配主体的混乱，扰乱了分配秩序，造成政出多门、多头分配，分散了政府利益，资金分散使用，也削弱了政府对国民收入分配的主体调节作用。
(2)影响了投资环境，特别是影响了外商投资的积极性。
(3)“费多税少”矛盾的实质是政府部门收入机制的不规范以及由此引发的政府部门行为的不规范，且容易产生腐败行为。