参考答案：B, E

解析：

由于承包单位投标承揽了该工程的设计和施工两个阶段任务，所以两个阶段的自身因素造成的实际进度拖后均应由承包单位自己承担，不得申请工程延期。A、C、D项均为承包商原因；B、E项为非承包商原因，若造成实际进度拖延，可申请工程延期。