A、在口腔中，唾液中只含有淀粉酶，可以将淀粉分解成麦芽糖；

B、在胃中胃液只含有胃蛋白酶，可以把蛋白质分解成多肽；

C、肝脏分泌胆汁，胆汁不含消化酶，只能乳化脂肪；

D、在小肠内含有三种消化液，胆汁、胰液、肠液，胰液和肠液中含有能消化淀粉、蛋白质和脂肪的多种消化酶，淀粉、蛋白质、脂肪最总在小肠内被分解成葡萄糖、氨基酸、甘油和脂肪酸．

综上所述，含消化酶种类最多的消化器官是小肠．

故选：D．