参考答案：

（1）存在问题：独立性不够；资源不足；人才不足；法制不健全

（2）对策建议：理顺非政府公共和政府之间的关系；营造良好的筹资环境；加快现有人事制度改革的步伐；加快有关非政府公共部门的法律、法规建设