参考答案：(1)新民主主义革命时期党的建设的特殊困难在于：理论准备不足；受封建主义和小资产阶级思想影响比较严重；在同资产阶级又联合又斗争的情况下，如何保持中 * * 党在思想上、政治上和组织上的独立性，坚持无产阶级的革命领导权；如何处理党的建设与统一战线、武装斗争的关系，制定和实行正确的政治路线；如何抵制资产阶级思想对党的肌体的侵蚀，维护党自身的团结和统一。新民主主义革命时期党的建设的主要经验是：着重从思想上建设党；密切联系党的政治路线；坚持民主集中制原则；加强党的作风建设；以整风作为党的思想建设的有效形式。
(2)把握两者的关系，首先要注意到这“两个伟大工程”的区别：①党的历史地位发生了根本性变化，即由一个为夺取 * * 而奋斗的革命党发展成为已经掌握了全国 * * 并且要长期执政的执政党；②党的政治路线发生了根本性变化，即从以武装斗争为主要内容的、以推翻三丈敌人为目的的阶级斗争的政治路线转变为以经济建设为中心的、以建设富强、民主、文明的社会主义现代化国家为目标的现代化建设的政治路线，党的建设也是为党的政治路线服务的；③“两个伟大工程”的主要内容和主要目标发生了根本性的变化。民主革命时期党的建设，是要把我们党建设成为在全国范围内的大规模的急风暴雨式的群众运动中带领人民群众对阶级敌人进行战斗的无产阶级的先锋队和战斗队；新时期的“伟大工程”是要把我们党建设成为在对外开放和市场经济条件下领导社会主义现代化建设的坚强领导核心。把握两者的关系，其次应注意到这“两个伟大工程”在本质上又是一脉相承的，即都要把我们党建设成为以马克思主义为指导的、全心全意为人民服务的、始终做到“三个代表”的、永远保持先进性的马克思主义政党。
(3)在新的历史时期，我们要加强党的执政能力建设，不断推进党的建设这项伟大的工程，应采取的措施有：①坚持以马克思主义为指导，坚持理论和思想的与时俱进，不断提高党的理论水平；②以保持党和人民群众的血肉联系为核心，立党为公、执政为民；③以建设高素质干部队伍为关键，为党的事业培养千百万高素质人才；④以改革完善党的领导体制和工作机制为重点，科学执政、民主执政、依法执政；⑤加强党的基层组织和党员队伍建设，使党的事业永远立于不败之地。