参考答案：

（1）海船船员违法记分记录在《船员服务簿》；

（2）内河船员违法记分记录在《职务适任证书》的记分附页上；

（3）引航员船员违法记分记录在《引航员违法记分卡》上。

船员实际操作和安全知识检查的程序为：

（1）选定适检船舶和船员；

（2）选派检查员组成检查组；

（3）准备测试题；

（4）检查的实施。