A、甲醛有毒，能破坏蛋白质的结构，使蛋白质失去生理功能，是化学变化，所以正确．

B、硫酸铵使蛋白质溶液盐析，及盐析的实质是蛋白质的溶解能力降低，该过程是可逆的，是物理变化，所以错误．

C、浓硝酸与蛋白质发生颜色反应，使蛋白质变黄色，该过程生成了新物质，是化学变化，所以正确．

D、乙酸铅是可溶的重金属盐，能破坏蛋白质的结构，使蛋白质失去生理功能，该过程生成了新物质，是化学变化，所以正确．

故选B．