参考答案：

保护水域生态系统的最根本措施就是减轻人为干扰的压力，减轻对水质的污染和对水生生物资源的过度利用；

（1）减少污染排放量；

（2）实行综合保护措施，提高系统自身的抵抗能力；

（3）正确认识水生生物群落特征，合理利用生物资源。