答案：C

题目分析：句意:我不明白她为什么把那个男孩一个人留下。这里why 引导的是一个宾语从句，我们知道宾语从句中应该用陈述语序，故我们可以排除A、B两项；根据句意可知她把那个男孩一个人留下是一件过去的事情，应该用一般过去时，故选C。D选项使用的是过去完成时，表示过去的过去，不符合句意。