参考答案：稽核检查档案的主要内容包括：立项审批表、稽核检查方案、稽核通知书、被稽核单位自查报告、工作底稿、证明材料、稽核事实与评价材料、分项目稽核检查小结、稽核检查报告、反馈意见、稽核结论和处理决定、被稽核单位整改通知等资料。