A、太阳从东方升起，太阳是被研究的物体，太阳和地面之间发生了位置的改变．太阳运动，是以地面为参照物的．符合题意．

B、月亮在云朵里穿行，被研究的物体是月亮，月亮和云朵之间发生了位置的改变，以云朵为参照物，月亮是运动的．不符合题意．

C、客车里乘客认为司机是静止的，被研究的物体是司机，以乘客为参照物，司机和乘客之间没有发生位置的改变，司机是静止的．不符合题意．

D、飞机里的飞行员看到大地在运动，是以飞机为参照物的，故本选项不符合题意．

故选A．