蛋白质在消化道中被消化的部位是胃和小肠．蛋白质开始消化的部位是胃，在胃中蛋白酶的作用下，蛋白质被初步消化成多肽；然后进入小肠，再在小肠中肠液和胰液的作用下，被分解成氨基酸．

故选：C