“泉州终于来到我的身边!”说明泉州在运动，据此分析；

A、泉州不能相对于自己运动，故A错误；

B、以他坐的轮船为参照物，泉州与他的相对位置在靠近，所以符合“泉州终于来到我的身旁”的说法，故B正确．

C、上海与泉州之间的相对位置也不会发生变化，故C错误；

D、如果另一艘船与该船交会，泉州相对于另一艘船应该是远离，而不是“来到身旁”，故D错误．

故选B．