参考答案：B

解析：

根据《行政诉讼法2000年司法解释》第十六条农村土地承包人等土地使用权人对行政机关处分其使用的农村集体所有土地的行为不服，可以自己的名义提起诉讼。可见A错误，B正确。C项的错误在于，根据《行政诉讼法2000年司法解释》第十九条当事人不服经上级行政机关批准的具体行政行为，向人民法院提起诉讼的，应当以在对外发生法律效力的文书上署名的机关为被告。本案中的被告是谁关键看最后署名文书是谁发出的，但在本题中有意模糊了这一信息，C选项表达得过于绝对。D选项的错误在于，该批复行为只是部分违法，也就是不应该以非耕地批准耕地征用，同时还涉及到第三人的信赖利益，所以根据第五十四条人民法院经过审理，根据不同情况，分别作出以下判决：

（一）具体行政行为证据确凿，适用法律、法规正确，符合法定程序的，判决维持。

（二）具体行政行为有下列情形之一的，判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出具体行政行为：

1、主要证据不足的；

2、适用法律、法规错误的；

3、违反法定程序的；

4、超越职权的；

5、槛用职权的。

……

法院应该判决部分撤消（只针对32亩），而不是撤消。