①长期盛放石灰水的试剂瓶内壁常有一层白色固体物质碳酸钙，硫酸和碳酸钙反应生成的硫酸钙是微溶物，会附着在试管壁上，不能洗净，常用盐酸来洗，故①错误；

②浓硫酸具有腐蚀性和强氧化性，能将橡胶腐蚀，所以存放浓硫酸的试剂瓶不能用橡胶塞，故②错误；

③铜可以和三氯化铁溶液反应，生成氯化亚铁和氯化铜，三氯化铁溶液可以除去留在试管内的铜，故③正确；

④pH试纸不能用蒸馏水来润湿，测定某溶液的pH时，先将pH试纸放在表面皿上，再用洁净、干燥的玻璃棒蘸取该溶，液点在试纸上，并与标准比色卡比较，故④错误；

⑤分液时，分液漏斗中下层液体从下口放出，上层液体从上口倒出，故⑤正确；

⑥蒸馏的原理：通过控制沸点的不同来实现物质的分离，所以温度计水银球要靠近蒸馏烧瓶支管口，故⑥正确．

故选D．