3000册

分析：本题可设甲书店原有图书x册，乙书店原有图书y册，因为：这两个下属分店共有某种图书5000册，且若将甲书店的该种图书调出400册给乙书店，这样乙书店该种图书的数量仍比甲书店该种图书的数量的一半还少400册，根据这个关键语就可列出方程求解。

解答：

设甲书店原有图书x册，乙书店原有图书y册，

根据题意得：x+y=5000；1/2(x-400)-(y+400)=400，

解这个方程组得：x=4000，y=1000；

∴x-y=3000（册）。

答：这两个书店原有该种图书的数量差为3000册。

点评：此类题目的解决只需认真分析题意，找准关键描述语：这两个下属分店共有某种图书5000册，且若将甲书店的该种图书调出400册给乙书店，这样乙书店该种图书的数量仍比甲书店该种图书的数量的一半还少400册．利用方程组即可解决问题。