参考答案：B

解析： 《宪法》第112条规定：“民族自治地方的自治机关是自治区、自治州、自治县的人民代表大会和人民政府。”可见，A、C、D项均为民族自治地方的自治机关。自治旗，是自治县在内蒙古自治区的另一种称呼，亦属自治机关。正确答案为B。