参考答案：C

解析：[考点] 公示催告程序 《民事诉讼法》第193条规定，按照规定可以背书转让的票据持有人，因票据被盗、遗失或者灭失，可以向票据支付地的基层人民法院申请公示催告。依照法律规定可以申请公示催告的其他事项，适用本章规定。据此，本题中的长城商贸公司将一张付款人为B市乙区某农行支行的银行转账支票遗失，可以向票据支付地、即付款人B市乙区某农行支行所在地的基层人民法院申请公示催告。因此，C项为最合题意的选项。