答案：B

题目分析：由原子直接构成的物质有金属单质、固态非金属单质和稀有气体等。

A、水是由水分子构成的，故A错误；

B、铁是一种金属单质，是由铁原子直接构成的，故B正确；

C、氧气是由氧分子构成的，故C错误；

D、氯化钠是由钠离子和氯离子构成的，故D错误。故选B

点评：理解分子、原子、离子、元素与物质之间的关系，掌握常见物质的微粒构成，是解答本题的关键。