①分子是保持物质化学性质的一种微粒，由分子构成的物质保持物质化学性质的最小粒子是分子，由原子直接构成的物质，保持物质化学性质的微粒是原子，故①正确；

②原子分为原子核和核外电子，所以原子能够再分，故②错；

③置换反应是一种单质和一种化合物反应生成另一种单质和另一种化合物，有单质生成的不一定是置换反应，例如过氧化氢分解属于分解反应，故③错；

④两种化合物相互交换成分生成两种化合物的反应属于复分解反应，生成两种化合物的反应不一定是复分解反应，例如非金属氧化物和碱的反应不属于复分解反应，故④错；

⑤氧化物必须由两种元素组成，一种是氧元素的化合物，故⑤错；

⑥由不同元素组成的纯净物属于化合物，故⑥正确．

故选B．