A、0.51×204的积的小数位数是：2+0=2（位），0.51×204扩大100倍得到51×204；

B、5.1×2.04的积的小数位数是：1+2=3（位），5.1×2.04扩大1000倍得到51×204；

C、0.005×2040的积的小数位数是：3-1=2位，0.005×2040扩大100倍得到50×204；

由扩大的倍数越大，所得到的积越小，所以在算式0.51×2.04的积最小．

故选：B．