答案：D

题目分析：物理变化和化学变化的根本区别在于是否有新物质生成，如果有新物质生成，则属于化学变化；反之，则是物理变化。由于分子是保持物质化学性质的最小微粒，因此从微观方面看，物理变化和化学变化的根本区别在于是否有新的分子生成。

A、分子是不断运动的，一种物质的分子运动到另一种物质的分子中间的过程中，没有新分子的生成，属于物理变化；

B、分子间的间隔变大的过程中，分子本身没有变，故没有新分子生成，属于物理变化；

C、分子运动速率变慢的过程中，分子本身没有变，故没有新分子生成，属于物理变化；

D、由一种分子变成了另一种分子，说明有新的分子生成，即有新的物质生成，属于化学变化。故选D

点评：本题难度不大，解答时要分析变化过程中是否有新物质生成，若没有新物质生成属于物理变化，若有新物质生成属于化学变化。