答案：D

题目分析：A、分子和原子都是不断运动着的．A错误．B、分子和原子不能笼统地比较大小，一般分子比构成它的原子大，B错误．C、分子间有间隔，原子间也有间隔，C错误．D、化学变化的过程是分子破裂成原子，原子重新组合成新分子的过程，在化学变化过程中分子可以分，而原子只能重新组合，这是分子与原子的本质区别，所以正确．