A、光合作用只在含有叶绿体的活细胞中进行．A错误．

B、植物的吸收作用主要在根的成熟区进行．B错误．

C、蒸腾作用主要在叶片和幼嫩的茎进行；C错误．

D、细胞内的有机物在氧的参与下被分解成二氧化碳和水，同时释放出能量的过程，叫做呼吸作用，这一生理活动是所有活细胞都要进行的，具体部位是在所有的活细胞的线粒体内进行．D正确．

故选：D