A、石墨与金刚石物质性质差异原因是构成这两种物质的碳原子排列方式不同．错误；

B、生铁和钢的性能差异原因是含碳量不同，生铁中的含碳量高，钢中的含碳量低．正确；

C、一氧化碳与二氧化碳的性质差异原因是分子构成不同．正确；

D、钠原子与钠离子的化学性质不同是因为最外层电子数不同，钠原子最外层电子数为1，钠离子最外层电子数为8．正确．

故选A．