答案：B

分子、原子都是构成物质的粒子，在化学变化中，分子变为原子，原子再重新结合，故它们的根本区别是在化学变化中，分子可分，原子不可分。

A、分子与原子的根本区别是在化学变化中，分子可分，原子不可分；而不是分子大，原子小，且分子不一定比原子大，故选项错误。

C、分子与原子都是构成物质的微粒，故选项错误；

D、分子和原子都是不断运动的，故选项错误。