A、植树造林，增大森林覆盖面积，可以净化空气，符合“蓝天、碧水工程”，但不符合题意，故A错误；

B、密闭运输砂土，减少扬尘，可以净化空气，有利于“蓝天、碧水工程”，但不符合题意，故B错误；

C、火力发电要用化石燃料煤，煤燃烧要释放大量的有害气体，不利于“蓝天、碧水工程”，符合题意，故C正确；

D、工业废水经过处理后排放，不会污染河水、海水等，符合“蓝天、碧水工程”，但不符合题意，故D错误；

故选C．