A、农药、化肥的任意使用，可能会引起水体的富营养化及地下水、地表水和土壤的污染，故A不符合题意；

B、工业、生活污水直接排放到海水中，会造成水体的污染，因此选项B不正确；

C、矿物燃料用量的增加，会加大二氧化硫、一氧化碳等有害气体的排放量，同时生成大量二氧化碳气体，也可使温室效应加剧，故C不符合题意；

D、氢气是一种清洁能源，生成物只有水，没有污染，因此推广使用氢气做燃料，故D符合题意；

故选：D．