参考答案：D

解析：依据《立法法》第七十二条的规定可知，国务院有关部门依法可以联合制定规章对跨部门事项作出规定，因此A项错误；依据《行政许可法》第五十八条第一款规定可知，行政机关对行政许可事项进行监督检查收取费用的，须由法律、行政法规规定，而不是法规、规章，因此B项也不对。依据《立法法》第五十七条和第五十九条的规定可知国务院负责行政法规起草的组织、领导，而负责具体起草工作的是国务院有关部门等起草单位，起草单位完成起草后，将草案报送国务院法制机构审查修改，最终通过后由国务院发布，因此C项错误；依据《立法法》第七十三条第一款规定可知，依法具有规章制定权的地方政府可以直接依据法律制定规章，因此D项说法正确。故选D。