答案：C

题目分析：材料提示时间为“16世纪晚期”，“烟草”，正值明朝后期，随着西方新航路的开辟，烟草传入中国，故①正确；烟草传入中国使中国农业结构发生变化，②正确；“木棉、五谷之利不及其半”说明明朝后期商品经济发展③正确；④无法从材料中体现，故正确答案为C。