答案：C

A、组成两种物质的元素相同．故选项错误；

B、金刚石和石墨的物理性质不同不是因为两种物质碳原子个数不同．故选项错误；

C、两种物质中碳原子的排列方式不同．故选项正确；

D、构成两种物质的碳原子相同．故选项错误．

故选C．

点评：解答本题要理解物质的结构决定物质的性质，物质的性质决定物质的用途．