（1）1号瓶和2号瓶的变量是水分，1号瓶内洒少量的清水，种子萌发了，而2号瓶不洒水不萌发，说明水是种子萌发的条件．

（2）1号瓶和3号瓶的变量是空气，1号瓶内洒少量的清水，有空气，种子萌发了，而3号瓶倒入过量的水，水淹没种子无空气不萌发，说明空气是种子萌发的必需的外界条件．

（3）1号瓶和4号瓶相比只有温度不同，因此变量是温度．1号瓶是25℃，种子萌发了，而4号瓶的温度是4℃，种子没有萌发，说明适宜的温度是种子萌发的条件．

（4）如果该同学要探究大豆种子的萌发是否需要光，还需要设置5号瓶，5号瓶应放置在黑暗的环境中，其他条件与1号瓶相同．

故答案为：

（1）水分；（2）3；（3）温度；（4）黑暗