参考答案：E

解析：内毒素的化学组成是脂多糖。故选项E是正确答案。肽聚糖是细菌细胞壁的组成成分，非内毒素的组成部分；细菌外毒素的化学成分是蛋白质；鞭毛与核酸不构成细菌的毒素成分，故选项A、B、C与D均为错误的。