（1）如果60米表示向南走60m，那么-40m表示向北走40米；

（2）收入1000元记作+1000元，那么支出500元记作-500元；

（3）小明从家向学校走了13米，然后又向学校走了-4米，

走了-4米，说明是从离家13米的地方，又朝家的方向走了4米，所以小明这时离家有：13-4=9（米）．

故答案为：向北走40米，-500元，9．