参考答案：

（1）注册会计师应当对甲公司与A公司的往来款项进行函证，因为A公司持有甲公司15%的股份（超过5%）；对B公司而言，虽然期末余额为零，但当年发生额较大，所以也应进行函证。（2）注册会计师应考虑与被询证者联系，要求对方作出回应或再次寄发询证函，如果仍得不到答复，则应考虑采用必要的替代程序，如：检查与销售有关的文件（包括销售合同、销售订购单、销售发票副本、发运凭证及期后收款的回款单据等），以验证应收账款的真实性。（3）可能导致函证结果出现差异的原因主要有：购销双方对往来款项的确认金额或登记入账的时间不同、一方或双方记账有错误、甲公司可能有舞弊行为。如果函证结果表明存在非正常的差异，注册会计师应重新考虑对内部控制的原有评价结果是否适当；控制测试的结果是否适当；分析程序的结果是否适当；相关的重大错报风险评估是否适当；实施的实质性程序是否充分等。同时应当估算应收账款总额中可能出现的累计差错是多少，估算未被选中进行函证的应收账款的累计差错是多少。为取得应收账款累计差错更加准确的估计，也可以进一步扩大函证范围。（4）注册会计师的询证函有以下不当之处：①询证函的主体应该是甲公司，而不是ABC会计师事务所，因此，"本会计师事务所正在对甲公司2012年度的财务报表进行审计"，应改为："本公司聘请的ABC会计师事务所正在对本公司2012年度的财务报表进行审计"。同时，询证函中的"甲公司"相应修改为"本公司"；②如信息不符，除应在"信息不符"处盖章外，还应列明不符的详细金额；③回函应直接寄至ABC会计师事务所，不应直接寄至甲公司，因此，询证函中的地址应当是ABC会计师事务所的地址、邮编、电话、传真和联系人；④若款项在上述日期之后已经付清，"仍请及时函复为盼"，而不是"可以不必回函"；⑤询证函应由被审计单位甲公司盖章，而不是会计师事务所盖章；⑥询证函的发出时间2013年2月18日不妥。为了尽可能做到在注册会计师审计结束前取得被审计单位的询证函，注册会计师应在到达被审计单位后及时发出询证函，而不是在临近结束外勤工作时才函证；⑦结论中"信息不符"处还要写明"请列明不符的详细情况"等提示性文字。