A．∵a=-2，b=-2，

∴|a|=|b|，a=b，∴不能作为对于命题“如果|a|=|b|，那么a=b”，是假命题的反例，故此选项错误；

B．∵a=-2，b=3，

∴|a|≠|b|，∴不能作为对于命题“如果|a|=|b|，那么a=b”，是假命题的反例，故此选项错误；

C．∵a=-3，b=3，

∴|a|=|b|，a≠b，∴能作为对于命题“如果|a|=|b|，那么a=b”，是假命题的反例，故此选项正确；

D．∵a=3，b=3，

∴|a|=|b|，a=b，∴不能作为对于命题“如果|a|=|b|，那么a=b”，是假命题的反例，故此选项错误；

故选：C．