参考答案：A

解析：扣留承包商的保留金分两次返还：①颁发工程接收证书后，将保留金的50%返还承包商。若为其颁发的是按合同约定的分部移交工程接收证书，则返还按分部工程价值比例计算保留金的40%。②领发履约保证书后将全部保留金返还承包商。由于分部移交工程的缺陷责任期的到期时间早于整个工程的缺陷责任期的到期时间，对分部移交工程的二次返还，也为该部分剩余保留金的40%。