（1）该兴趣小组的探究目的是环境水质对青蛙受精卵孵化率的影响，因此在实验过程中，要定时观察并记录受精卵孵化的时间、数量等．

（2）选取受精卵数量为100粒，如果数量过少，可能会产生较大的误差，影响实验结果．

（3）A组各加入200ml的清水，B组加入200ml一定浓度的污水；然后各放入100粒青蛙卵到瓶中，在相同适宜的环境中孵化．因此A组是对照组，通过对照试验可知，若其中有一组孵化出小蝌蚪的数量少且部分形态异常，则估计是B组，原因是污水对青蛙受精卵孵化有一定的影响． 

故答案为：（1）受精卵孵化的时间、数量等

（2）5粒太少，容易受偶然因素的影响而导致结果不准确

（3）B   污水对青蛙受精卵的孵化有一定的影响．