（1）是我国最大港口的是F即上海．

（2）出口大豆及其制品最多的港口是A即大连．

（3）B港口的名称是秦皇岛，连接该港口的我国专用煤炭运输铁路线名称是大秦铁路．

（4）连接F港口即上海的铁路干线主要有两条，南北干线是京沪线，东西干线是沪昆线．

（5）连接E港口即连云港的铁路干线被称为“第二亚欧大陆桥”，其在我国境内的两条干线分别是陇海线和兰新线．

（6）A港口即大连所在的海域是黄海，其隔渤海海峡与山东省相望．

故答案为：（1）F；

（2）A；

（3）秦皇岛；大秦铁路；

（4）京沪线；沪昆线；

（5）陇海线；兰新线；

（6）黄海；山东．